Большинство пациентов не относят фитотерапевтические средства к лекарственным препаратам, поэтому они не помнят применявшиеся препараты, эффективность их использования, не относят побочные эффекты терапии (в частности, аллергические реакции) к средствам растительного происхождения. Некоторые растительные препараты могуть дать алергическую реакцию, многие пациенты начинают фитотерапию без предварительной консультации с врачом или фармацевтом, т.е. занимаются самолечением, не выявив при этом объективные показания к проведению подобной терапии и потенциальный риск от ее назначения.

Часто отмечается длительное использование природных лекарственных средств, что потенциально приводит к изменению активности ферментов, участвующих в биотрансформации синтетических препаратов. Несмотря на радужные сообщения рекламных листков об отсутствии побочных эффектов при применении лекарственных веществ растительного происхождения или БАД на их основе, практика показывает, что это не так. Все чаще и чаще в научной литературе появляются публикации о том, что прием растительных компонентов и БАД может быть причиной серьезных осложнений и даже смертельных случаев. Описаны тератогенные, мутагенные и токсические эффекты препаратов растительного происхождения.

Данные ВОЗ свидетельствуют о том, что наиболее часто препараты растительного происхождения вызывают нарушение деятельности желудочно-кишечного тракта, сердечнососудистой системы. Третье место по частоте встречаемости побочных эффектов препаратов растительного происхождения занимают реакции гиперчувствительности. Также достаточно часто могут наблюдаться: развитие бронхоспазма, судороги, галлюцинации, тромбоцитопения и т.д. Из токсических эффектов при применении растительных препаратов чаще всего отмечаются гепатотоксичность. Гепатотоксичные эффекты описаны при использовании окопника, мать-и-мачехи, белокопытника, сенны, дубровника, шлемника, валерианы, стефании и магнолии.